Direi di ripartire dall'inizio...
Innanzitutto suggerisco di riattivare le friendly url native di Joomla (tutte le opzioni a SI, come da allegato). Subito dopo fai un giro sul sito per verificare che tutti i link funzionano (potrebbe esserci qualche url cablata non seo, meglio aggiornarla per evitare impressione di contenuti duplicati).
A questo punto si può passare a ReDJ che convive tranquillamente con JoomFish. Il mod_rewrite serve, e serve anche aggiungere ErrorDocument nel .htaccess di Joomla, come indicato dallo stesso ReDJ nella pagine di edit di un item (suggerimenti nel box di destra).
Fatto questo, si passa a Google e si controllano i 404 segnalati per verificare se atterrano effettivamente su una pagina di errore. in caso affermativo, la pagina di errore DEVE essere quella di Joomla, non quella gestita direttamente da Apache (se così fosse, ReDJ non potrebbe mai intervenire). A questo punto si può inserire un item in ReDJ per redirigere quella pagina sulla sua versione aggiornata, tramite un bel 301. Ovviamente Google impiegherà un po' di giorni per accorgersene, per cui occorre anche un po' di pazienza.
Un suggerimento se posso. Nel caso ci siano MOLTE pagine di errore da redirigere, non è opportuno impostare una redirect per ogni pagina. Sarebbe il caso di individuare dei gruppi di pagine da redirigere tutte tramite un singolo item. Faccio un esempio. Se ci sono N pagine del tipo:
/forum.php?page=1
/forum.php?page=2
...
/forum.php?page=N
COn un solo item posso redirigerle tutte sulla nuova pagina:
From URL: /forum.php?page=
To URL: http://{siteurl}/forum.html
Ricordo che ReDJ utilizza le espressioni regolari per il match dell'url corrente.
Ciao,
Luigi